René Descartes nasceu em 31 de Março de 1596 em La Haye, a cerca de 300 quilómetros de Paris (hoje Descartes), no departamento francês de Indre-et-Loire.
Sua mãe, Jeanne Brochard (1566 - 1597) morreu quando ele tinha um ano. Com oito anos, ingressou no colégio jesuíta Royal Henry-Le-Grand, em La Flèche. O curso em La Flèche durava três anos, tendo Descartes sido aluno do padre Estêvão de Noel, que lia Pedro da Fonseca nas aulas de lógica, a par dos Commentarii. Descartes reconheceu que lá havia certa liberdade; no entanto, no seu "Discurso sobre o método", declara a sua decepção, não com o ensino da escola em si, mas com a tradição escolástica, cujos conteúdos considerava confusos, obscuros e nada práticos. Em carta a Mersenne, diz que "os Conimbres são longos, sendo bom que fossem mais breves (crítica já então corrente, mesmo nas escolas da Companhia de Jesus). Descartes esteve em La Flèche por cerca de nove anos (1606-1615). "Descartes não mereceu, como se sabe, a plena admiração dos escolares jesuítas, que o consideravam um deficiente filósofo". Prosseguiu depois seus estudos, graduando-se em direito, em 1616, pela Universidade de Poitiers.
No entanto, Descartes nunca exerceu o direito, e em 1618 foi para a Holanda, alistando-se no exército do príncipe Maurício, com a intenção de seguir carreira militar. Mas se achava menos um ator do que um espectador: antes ouvinte numa escola de guerra do que verdadeiro militar. Conheceu então Isaac Beeckman, que o influenciou fortemente, e compôs um pequeno tratado sobre música intitulado Compendium Musicae (Compêndio de Música).
Também é dessa época (1619-1620) o Larvatus prodeo (Ut comœdi, moniti ne in fronte appareat pudor, personam induunt, sic ego hoc mundi teatrum conscensurus, in quo hactenus spectator exstiti, larvatus prodeo). Esta declaração do jovem Descartes no preâmbulo das Cogitationes Privatae (1619) é interpretada como uma confissão que introduz o tema da dissimulação, e, segundo alguns, marca uma estratégia de separação entre filosofia e teologia. Jean-Luc Marion, em seu artigo Larvatus pro Deo : Phénoménologie et théologie refere-se à abordagem dionisíaca do homem escondido diante de deus (larvatus pro Deo) como justificativa teológica do filósofo que avança mascarado (larvatus prodeo).
Em 1619, viajou para a Alemanha, onde, segundo a tradição, em dia 10 de Novembro, teve uma visão em sonho de um novo sistema matemático e científico. No mesmo ano, ele viajou para a Dinamarca e a Polónia. Em 1622 retornou à França, passando os anos seguintes em Paris.
Em 1628, compôs as Regulae ad directionem ingenii (Regras para a Direção do Espírito) e partiu para os Países Baixos, onde viveria até 1649. Em 1629, começou a redigir o "Tratado do Mundo", uma obra de física na qual aborda a sua tese sobre o heliocentrismo. Porém, em 1633, quando Galileu é condenado pela Inquisição, Descartes abandona seus planos de publicá-lo. Em 1635, nasce Francine, filha de uma serviçal. A criança é batizada em 7 de Agosto de 1635, morrendo precocemente em 1640, o que foi um grande baque para Descartes.
Em 1637, publicou três pequenos tratados científicos: "A Dióptrica", "Os Meteoros" e "A Geometria", mas o prefácio dessas obras é que faz seu futuro reconhecimento: o "Discurso sobre o método".
Em 1641, aparece sua obra filosófica e metafísica mais imponente: as "Meditações Sobre a Filosofia Primeira", com os primeiros seis conjuntos de "Objeções e Respostas". Os autores das objeções são: do primeiro conjunto, o teólogo holandês Johan de Kater; do segundo, Mersenne; do terceiro, Thomas Hobbes; do quarto, Arnauld; do quinto, Gassendi; e do sexto conjunto, Mersenne.
Em 1642, a segunda edição das Meditações incluía uma sétima objeção, feita pelo jesuíta Pierre Bourdin, seguida de uma "Carta a Dinet".
Em 1643, o cartesianismo é condenado pela Universidade de Utrecht. Descartes inicia a sua longa correspondência com a princesa Isabel (1618 – 1680), filha mais velha de Frederico V e de Isabel da Boémia. A correspondência deverá durar sete anos, até a morte do filósofo, em 1650.
Também no ano de 1643, Descartes publica "Os Princípios da Filosofia", onde resume seus princípios filosóficos que formariam "ciência". Em 1644, fez uma visita rápida à França, onde encontrou Chanut, o embaixador francês junto à corte sueca, que o põe em contato com a rainha Cristina da Suécia. Nesta ocasião, Descartes teria declarado que o Universo é totalmente preenchido por um "éter" onipresente. Assim, a rotação do Sol, através do éter, criaria ondas ou redemoinhos, explicando o movimento dos planetas, tal qual uma batedeira. O éter também seria o meio pelo qual a luz se propaga, atravessando-o pelo espaço, desde o Sol até nós.
Em 1647, Descartes foi premiado pelo Rei da França com uma pensão e começa a trabalhar na "Descrição do Corpo Humano". Entrevista Frans Burman em Egmond-Binnen (1648), resultando na "Conversa com Burman". Em 1649, foi à Suécia, a convite da rainha Cristina. Seu "Tratado das Paixões", que ele dedicou a sua amiga Isabel da Boêmia, fora publicado.
René Descartes morreu de pneumonia em 11 de Fevereiro de 1650, em Estocolmo, depois de dez dias doente, onde estava trabalhando como professor a convite da rainha. Acostumado a trabalhar na cama até meio-dia, há de ter sofrido com as demandas da rainha Christina, cujos estudos começavam às 5 da manhã. Como um católico num país protestante, ele foi enterrado num cemitério de crianças não batizadas, na Adolf Fredrikskyrkan, em Estocolmo.
Em 1667, os restos mortais de Descartes foram repatriados para a França e enterrados na Abadia de Sainte-Geneviève de Paris. Um memorial construído no século XVIII permanece na igreja sueca.
No mesmo ano, a Igreja Católica coloca os seus livros na lista proibida.
Embora a Convenção, em 1792, tenha projetado a transferência do seu túmulo para o Panthéon, ao lado de outras grandes figuras da França, desde 1819, seu túmulo está na Igreja de Saint-Germain-des-Prés, em Paris.
A vila no vale do Loire onde ele nasceu foi renomeada La Haye-Descartes e, posteriormente, já no final do século XX, Descartes.
