Hans Asperger afirmou existir semelhanças no comportamento de seus pacientes com alguns de seus familiares, principalmente os pais, defendendo a tese de que a origem da Síndrome de Asperger pode ser genética. Embora as pesquisas ainda não apontem um gene especificamente responsável, muitos fatores embasam tal crença, principalmente devido à variabilidade fenotípica observada dentre as crianças com SA. Uma destas evidências se concentra no fato de que a síndrome pode ser diagnosticada em mais de um membro da família e uma maior incidência de indivíduos, dentro do mesmo círculo familiar, apresentarem sintomas de forma extremamente leve (como por exemplo, dificuldades de leitura, interação social ou linguagem). Grande parte dos estudos sugerem que todos os transtornos do espectro autista compartilham mecanismos genéticos, podendo ter uma origem comum e de maior destaque, no caso, o autismo em si. No entanto, sua origem provavelmente não é causada por um grupo de genes comuns nos quais os alelos tornam um indivíduo vulnerável ao ponto de desenvolver Asperger, mas, se for o caso, a combinação de alelos, em cada caso determinaria a gravidade e os sintomas de cada indivíduo que possui a condição.
Exames de imagem apontam evidências de alterações estruturais em determinadas regiões do cérebro, o que comprova o forte fator genético. Tais formações se dão logo após a concepção, ainda em estado embrionário, e são características que quase sempre podem observadas também nos pais ou em um deles, caracterizando o que se chama de Fenótipo Ampliado do Autismo (FAA), que é quando o indivíduo não tem a síndrome completa, mas possui alguns traços. Irmãos de crianças com a Síndrome de Asperger, muitas vezes, também apresentam traços ou condições afins, mais uma vez reforçando a ligação genética do quadro.
Embora a causa exata do transtorno ainda não seja conhecida, sabe-se, no entanto, que o transtorno está presente desde o nascimento e que tem um forte componente genético, e que não é, portanto, causado por estilos inadequados de criação dos filhos ou traumas emocionais.
Alguns poucos casos de transtornos globais do desenvolvimento são considerados efeitos de agentes teratogênicos ocorridos nas primeiras semanas de gestação. Embora isso não exclua a possibilidade da Síndrome de Asperger se manifestar antes ou depois disso, conclui-se que, provavelmente seu surgimento seja precoce no desenvolvimento humano. Outra hipótese, sem conclusões advindas da comunidade científica é que fatores ambientais possam exercer alguma influência após o nascimento. Dentre esses fatores, poder estar certos produtos químicos, medicações utilizadas pela mãe durante a gravidez (especialmente nos primeiros 3 meses de gestação) ou mesmo a poluição, mas por enquanto são apenas especulações sem comprovação.
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