A Síndrome de Asperger é uma condição neuropsicológica que causa efeitos no desenvolvimento cerebral em geral, provocando mudanças nos vários sistemas funcionais existentes. Embora a dissociação da SA com outros transtornos do espectro autista ainda não seja clara e não tenha sido descoberta nenhuma patologia em comum para todos os distúrbios, há probabilidade de que a síndrome tenha mecanismos distintos das demais desordens. Alguns estudos neuroanatômicos e supostas ações de agentes teratogênicos presumem que a alteração no desenvolvimento cerebral ocorra logo após a fecundação. A migração anormal de células embrionárias durante o desenvolvimento fetal pode afetar a estrutura definitiva do cérebro e seus circuitos nervosos, afetando ligações diretamente relacionadas ao pensamento e comportamento. Existem várias teorias e estudos relacionados, porém nenhum fornece uma explicação completa a respeito do mecanismo da Asperger.
A teoria da underconnectivity trabalha com a hipótese do subfuncionamento das conexões e sincronizações neurais de alto nível e com um excesso de processos de baixo nível. Ela mapeia bem as teorias de processamento geral tais como a teoria da coerencia central fraca, que hipotetiza que uma capacidade limitada de ver grandes imagens adjascentes a disturbios centrais no TEA.
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