Indivíduos com síndrome de Asperger podem ter sintomas ou sinais que são independentes do diagnóstico que possuem, mas tais características podem afetar o indivíduo ou até mesmo a família. Estes incluem diferenças na forma de percepção e problemas com a coordenação motora, sono, e emoções.
Muitos aspies possuem uma ótima audição e percepção visual. As crianças geralmente percebem diferentes padrões sendo modificados o tempo todo. Normalmente, isso é de domínio específico e envolve a processamento neurológico minucioso. Por outro lado, em comparação com os autistas de alto funcionamento, os indivíduos com SA possuem déficits em algumas tarefas que envolvem a percepção visual-espacial, percepção auditiva relacionada à grande concentração de pessoas, ou memória eidética. Muitos deles relatam outras habilidades sensoriais, experiências e percepções incomuns. Por outro lado, podem ser mais sensíveis ou insensíveis ao som, luz e outros estímulos, também encontrados em outros transtornos globais do desenvolvimento, sem exclusividade para a Asperger.
Os primeiros relatos de Hans Asperger e outros tipos de diagnóstico incluem descrições de imperícia física. Crianças com SA podem ser atrasadas na aquisição de habilidades que exigem destreza motora, como andar de bicicleta ou a abertura de um frasco, e parecem se mover sem jeito ou sentirem-se "desconfortáveis em sua própria pele". Assim, podem ser mal coordenados, uma postura errada ou incomum, má caligrafia, ou problemas com a integração visual-motora. Também, possivelmente apresentam problemas com a propriocepção, além de apresentarem dispraxia, como equilíbrio, marcha tandem, e a justaposição do dedo polegar. Não há evidências de que estes problemas de motricidade os diferem dos autistas de alto funcionamento.
As crianças são mais propensas a terem problemas de sono, como dificuldade para dormir, frequente insônia no meio da noite, terror noturno e acordar cedo. A síndrome também está associada a altos níveis de alexitimia, que é a dificuldade em identificar e descrever as próprias emoções. Apesar de na SA a qualidade do sono ser menor, e também existir alexitimia, não há relação direta entre os dois sintomas.
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