O objetivo do método baconiano é constituir uma nova maneira de estudar os fenómenos naturais. Para Bacon, a descoberta de fatos verdadeiros não depende do raciocínio silogístico aristotélico, mas sim da observação e da experimentação regulada pelo raciocínio indutivo. O conhecimento verdadeiro é resultado da concordância e da variação dos fenómenos que, se devidamente observados, apresentam a causa real dos fenómenos.
Para isso, no entanto, deve-se descrever de modo pormenorizado os fatos observados para, em seguida, confrontá-los com três tábuas que disciplinarão o método indutivo: a tábua da presença (responsável pelo registro de presenças das formas que se investigam), a tábua de ausência (responsável pelo controle de situações nas quais as formas pesquisadas se revelam ausentes) e a tábua da comparação (responsável pelo registro das variações que as referidas formas manifestam). Com isso, seria possível eliminar causas que não se relacionam com o efeito ou com o fenômeno analisado e, pelo registro da presença e variações seria possível chegar à verdadeira causa de um fenômeno. Estas tábuas não apenas dão suporte ao método indutivo mas fazem uma distinção entre a experiência vaga (noções recolhidas ao acaso) e a experiência escriturada (observação metódica e passível de verificações empíricas). Mesmo que a indução fosse conhecida dos antigos, é com Bacon que ela ganha amplitude e eficácia.
O método, no entanto, possui pelo menos duas falhas importantes. Em primeiro lugar, Bacon não dá muito valor à hipótese. De acordo com seu método, a simples disposição ordenada dos dados nas três tábuas acabaria por levar à hipótese correta. Isso, contudo, raramente ocorre. Em segundo lugar, Bacon não imaginou a importância da dedução matemática para o avanço das ciências. A origem para isso, talvez, foi o fato de ter estudado em Cambridge, reduto platônico que costumava ligar a matemática ao uso que dela fizera Platão.
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